曹操有意答应，程昱劝而止之。
后来曹操在兖州安定后，时献帝回到洛阳，程昱和荀彧等劝曹操迎献帝于许昌，操任命程昱为尚书，令其统管兖州军事。
刘备来投靠曹操时，程昱劝曹操杀之，而操没有采纳。
后操派刘备出兵截击袁术，程昱与郭嘉等说曹操追刘备回来，因刘备必定会叛变。
曹操于是派人去追，但没有追到。
刘备到徐州就斩徐州刺史车胄背叛。
不久操任命程昱为振威将军，袁绍南侵时，程昱只领七百士兵守邺城，曹操欲给他增兵二千，程昱不接受，说若果不增兵，袁绍必轻视而不会攻打。
反而增兵会引绍攻打，必定等攻下，袁绍果然没有攻打，曹操于是说：“程昱之胆，过于贲、育。”官渡之战后，程昱收编了山泽中的亡兵之徒，得到几千精兵，助曹操攻打袁谭、袁尚。
平定北方。
赤壁之战，随曹操出阵。
黄盖的诈降粮船前来时，程昱从来船的速度叛断黄盖的并非粮船，从而识破其诈降。
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