又与程昱定计，保全了范、东阿二城。
次年，建议“深根固本以制天下”，曹操采纳后，集中兵力收复了兖州。
建安元年(196)，劝曹操迎汉献帝许都(今河南许昌)，得挟天子以令诸侯。
任侍中兼尚书令，助理军国大事。
同时不断为曹操招集人才。
献计先安抚关中，再分化瓦解、各个击破关东之敌，助曹操战胜张绣、吕布、袁术、刘备等，使之成为北方唯一能与袁绍抗衡的势力。
五年，官渡之战中，曹军士卒疲惫，军粮将尽，曹操欲退守许都，荀彧认为，以弱敌强已半年之久，此时先退兵必为所乘，今袁军情势也必有变，不可失去出奇制胜良机。
曹操采纳后，不久便大败袁绍，为统一中国北部奠定基础。
又建议曹操暂缓南征，乘胜追击袁氏，迅速平定冀州之地。
后又以不利安定人心而劝阻曹操复置古九州。
十三年，向曹操献计：阳出宛、叶，暗遣奇兵袭荆州。
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